Buenas tardes quiqon,
Según tengo entendido dicho transporte de residuos solamente necesita el Certificado de la la empresa de gestión de residuos, tal y como ya comentas. Obviamente necesita toda la documentación habitual. Habitualmente se trata de furgonetas inferiores del 3500kg privadas.
Actualmente dichos residuos se encuentra recogidos en la Ley 22/2011 de 28 de julio de Residuos, donde establece en su artículo 3 que son "residuos domésticos".
Por si quieres profundizar en su Capítulo 2 de la gestión de residuos, artículos 20 establece las obligaciones en el transporte, pero ya te adelanto que no pone nada que no conozcas.
En todo caso si detectas alguna anomalía yo informaría a la sección de medio ambiente de tu municipio y si careces podrías intentarlo con los Agentes medioambientales de la Conserjería, suelen involucrarse.
Saludos